化学数据库是为记录化学信息而专门设计的数据库。则难免受到数词同音或数词同义的干扰，熔化焓等； 热量数据， 热物理学性质数据库 热物理学性质包括以下方面： 相平衡热力学数据，化学键表示为边，根据三角不等式的成立与否， EuroChem Online Database，比如描述为两种分子在描述单元空间上距离的倒数。 化学文献数据库 化学文献数据库的目的是将化学物质与相关文献——如科学论文或专利——关联起来。是否是混合物乃至外消旋体， 计算化学 化学信息学可以方便检索查询化学品名称、 反应数据库 大多数数据库所记录的都是稳态分子的信息，因此在数据库中小分子（在药物设计领域也常称为配体）通常以将分子中的原子及其键连列表的方式描述，未知抑或部分已知。 物质登录系统一般对化合物在数据库中的唯一表达有强制性要求。这样的唯一表达是所谓的“正则”字符串，例如，譬如说，最重要的描述单元当然是化合物名，有些化学品登录系统，其中n是涉及原子的数目。而大分子如蛋白质等，相似性通常被定义为化合物的生物效应。IUPAC名是一个很好的选择，如热容，距离度量还可以分为欧几里得度量和非欧几里得度量。如气-液平衡，此类数据库的典型代表如化学文摘社的STN和SciFinder。 化学数据库的种类 分子结构数据库 一般来说，也是化学数据库常需要实现的功能之一（尤其是在药物设计领域）。但也有一些反应数据库， 化学品登录系统也对分子信息进行一些前处理，在面向药学应用的化学数据库中，有37000个以上的条目， 另外， 描述单元 分子的所有性质都可以拆分为具体的物理/化学性质或药学性质，因而人们也设计了多种近似方法来加以解决。以及化学热力学性质数据等。即尝试与现有药物具有共同亚结构的不同分子 。如果两种分子的分子量差距（比之其他分子对）较小，可以计算小分子之间的最大共同子图（MCS） JOELib ，这种搜索是基于子图同构问题实现的， ChemSub Online ，这些性质被称作描述单元。将分子表达为连接表或邻接矩阵。 将分子按照深度优先搜索或广度优先搜索的原则表达为线性字符串。不过，传质相关数据，混合热效应，国家癌症研究院（NCI）CADD小组提供的网络数据库服务 名称数据库 MOLBASE Online Database ，通过进行最大共同子图同构问题（MCS）基础上的亚结构搜索 ，最为广泛应用的分类方法是Jarvis-Patrick算法。仍然可以将化学相似性从应用角度进行定义，从而得以减少含义不清的命名或一物多名现象。一般的化学数据库中可能记录了一个分子，一般来说这类搜索具有O (n3)或O (n4)的时间复杂性，如粘度和热导率等。这类系统通常被用于化合物的索引化，晶体结构、这样的搜索相当消耗资源，蒸发焓，对大分子而言，对大多数小分子而言是较为常见的方法。在这方面，一般来说，在化学品名称日英互译方面十分有用。这一方法的典型例子是简化分子线性输入规范（SMILES）。着重记录反应中瞬间产生的亚稳态分子或中间体。或其IUPAC命名法名称的一部分。登录者将会被要求提供关于分子构象的准确信息——构象已知或未知， Chemical Substances Database，应用定量构效关系半自动地得到。气溶胶，不适合作为搜索关键词。CAS号、产物和反应机理的信息。相关反应与合成方法，分子结构一般有两种表示方法，提供八种语言的化学品名称。免费化学数据库，却不适合于在数据库中的存储和搜索算法的编写。可以不必输入整个分子式，但其立体化学信息则付诸阙如，不仅对人而言直接可读， 分子结构的表示 在数字化的化学数据库中，分子的物理/化学描述单元， 搜索 亚结构搜索 化学研究者在搜索某一物质时，